TotalSeq^TM-B和TotalSeq^TM-C告訴你

即便是雙胞胎

也可以保持迥異風(fēng)格

第二代高通量單細(xì)胞測序是將單個細(xì)胞中微量的轉(zhuǎn)錄組mRNA通過高效擴(kuò)增后再進(jìn)行高通量測序的技術(shù)。10X Genomics公司作為單細(xì)胞測序領(lǐng)域的黑馬，采用基于微流控技術(shù)的單細(xì)胞系統(tǒng)，可實現(xiàn)對細(xì)胞群體的劃分與細(xì)胞群體間基因表達(dá)差異的檢測，是適用于多種研究的黃金方法。而蛋白質(zhì)，作為生命功能的執(zhí)行者，其含量的變化在生物體的生長、應(yīng)激、疾病發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要的功能。但蛋白組水平的研究卻遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于轉(zhuǎn)錄組水平的研究，為此，BioLegend公司推出了TotalSeq^TM系列產(chǎn)品。該產(chǎn)品可以通過高通量測序來分析單細(xì)胞水平的蛋白表達(dá)，在得到RNA信息的同時，也可以獲得蛋白的信息，近期TotalSeq^TM家族又添了新成員。

BioLegend公司在持續(xù)推出寡核苷酸偶聯(lián)抗體，近期推出了TotalSeq^TM-B和TotalSeq^TM-C產(chǎn)品。TotalSeq^TM-B是與10X Genomics公司最新的Feature Barcoding技術(shù)的Single Cell Gene Expression (3’ v3)相兼容，而TotalSeq^TM-C抗體是與Feature Barcoding技術(shù)的Single Cell ImmuneProfiling (5’)相兼容。 TotalSeq^TM-B和TotalSeq^TM-C抗體不需要購買其它的試劑即可適用于10XGenomics公司的Feature Barcoding工作流程，可用更簡單的實驗滿足您對基因表達(dá)和免疫分型進(jìn)行同時分析的要求。而原有的TotalSeq^TM-A抗體則適用于任何poly-dT寡核苷酸結(jié)尾的儀器及試劑盒，如10x Genomics Chromium v2和v3試劑盒，此時必須額外購買用于制備ADT文庫的試劑，另外還有Bio-Rad ddSeq, Fluidigm C1, Celsee Genesis, Drop-seq等其它儀器。

*注：N表示隨機(jī)選擇A, C, G或者T。所有Totalseq?-B、C和NYGC抗體都與10X基因組方案相兼容。符號*表示磷酸硫鍵，以防止核酸酶降解。

寡核苷酸序列由以下幾部分組成，PCR引物，特異性標(biāo)簽序列（即特異性Barcode）以及Capture序列。Totalseq?-A、B、C如下：

TotalSeq^TM-A

TotalSeq^TM-B

TotalSeq^TM-C

Totalseq?操作流程如下：

• 用Totalseq?抗體標(biāo)記細(xì)胞；
• 在單細(xì)胞平臺中連同Antibody-Derived Tags(ADT, 寡核苷酸偶聯(lián)抗體)擴(kuò)增；
• 將ADT-derivedcDNA 與mRNA-derived cDNA分開；
• 測序文庫構(gòu)建；
• 測序。

除Totalseq?-A、B、C系列產(chǎn)品，可以使用戶同時得到轉(zhuǎn)錄組信息和免疫表型信息，其中獨特的Cell Hashing抗體還可以幫助用戶實現(xiàn)多重樣本的檢測。即通過一個泛指標(biāo)（人的樣本中使用的是CD298和β2 microglobulin，而小鼠的樣本中使用的是CD45以及H-2 MHC class Ⅰ），給每份樣本分別加上特定的Barcode標(biāo)記，因此，多份樣本在單細(xì)胞測序的環(huán)節(jié)可合成一個樣本進(jìn)行檢測，在后期分析的時候又能通過特定barcode的序列特異性將每份樣本分開，從而節(jié)約單細(xì)胞測序的成本。Cell Hashtag包含了不同于經(jīng)典Totalseq?系列產(chǎn)品的擴(kuò)增handle，使得Hashtag、免疫表型、mRNA文庫可以獨立的進(jìn)行擴(kuò)增和聚集，可以直接使用。

使用Totalseq?抗體，可以同步檢測mRNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)量并進(jìn)行聯(lián)合分析，我們可以同時產(chǎn)生多重數(shù)據(jù)，降低實驗的假陰性，并且可以增強(qiáng)細(xì)胞類型的識別。從而可以實現(xiàn)mRNA和蛋白質(zhì)的互補(bǔ)和整合，全面闡釋生物基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制，對生物體疾病和應(yīng)激機(jī)理進(jìn)行分方位的分析，促進(jìn)了生物醫(yī)學(xué)的快速發(fā)展。

主要做單細(xì)胞測序需要知道幾個內(nèi)容：

• 產(chǎn)品說明書，這個根據(jù)采購的貨號來尋找；
• Protocol （https://www.biolegend.com/protocols/cell-hashing-and-single-cell-proteogenomics-protocol-using-totalseq-antibodies/5009/）；
• 參考文獻(xiàn)：CITEseq(https://www.nature.com/articles/nmeth.4380),REAPseq (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28854175),cellhashing(https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1603-1);
• NYGC參考網(wǎng)站(https://cite-seq.com/)，包含數(shù)據(jù)分析的資源；
• 10X網(wǎng)站（https://www.10xgenomics.com/product-list/#single-cell），用來確認(rèn)是否把Totalseq抗體需要的試劑配齊。